[연구] Simulation 제작(7)

zero-inflated negative model

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• 앞선 논문에서 가장 성과가 좋았던 시뮬레이터 ZINB-WaVE의 모델
• zero-inflated NB, ZINB: 과도하게 0이 많은 데이터를 처리할 때 사용.
• ZINB의 구성
  1. Zero-inflation part: 값이 0인지, 측정되지 않은 값인지 판단하는 확률모델
  2. Negative Bionomial part: 0이 아닌 경우는 실제 발현값처럼 overdispersion된 count 데이터 모델링
• scRNA-seq 데이터에서 dropout 현상(유전자가 발현되었지만 0으로 기록되는 경우)을 모델링

dynamics network

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• 서로 다른 생물학적 데이터베이스는 서로 다른 유전자 리스트를 제공하기에, 추정된 성장 결과는 데이터베이스 선택에 따라 크게 달라질 수 있음(TIGON 관련 논문)