[연구] Simulation 제작(3)

omnipathR

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• library(OmnipathR)

pypath

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• Git으로 직접 설치

    pip install git+https://github.com/saezlab/pypath.git
  

omnipath의 상호작용 유형(type)

• omnipath.interactions.AllInteractions.get()를 통해 추출
• post_transcriptional: 전사 후 조절. 유전자 전사가 완료된 후, mRNA 수준에서 이루어지는 조절 과정
• mirna_transcriptional: miRNA에 의한 전사 조절. miRNA가 직접적인 전사 조절에 관여. 특정 전사인자(transcription factor, TF)를 조절하거나, 크로마틴 구조를 변화시키는 방식
• post_translational: 번역 후 조절. 단백질이 합성(번역)된 후, 기능이나 안정성을 조절하는 과정
• transcriptional: 전사 조절. DNA에서 mRNA로의 전사 과정에서 유전자 발현을 조절하는 메커니즘
• lncrna_post_transcriptional: lncRNA에 의한 전사 후 조절. 긴 비암호화 RNA가 전사 후 조절에 관여하는 메커니즘
• small_molecule_protein: 소분자-단백질 상호작용. 소분자(리간드, 약물, 효소 억제제 등)가 특정 단백질과 결합하여 기능을 조절.
• ⟶ 세포 간 상호작용 유형: small_molecule_protein, lncrna_post_transcriptional, mirna_transcriptional

omnipath

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• OmniPath 문서: https://omnipath.readthedocs.io/en/latest/index.html