Omnipath Tutorials(2)

Receptor-ligand permutation test

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squidpy 설치

• dask와 충돌 문제 발생 시
  1. 새 가상환경 python==3.11
  2. pip install "dask[dataframe]==2024.11.2"
  3. pip install "spatialdata>=0.2.5" ome-zarr>=0.8.4
  4. pip install squidpy

시각화 sp.pl.ligrec()

• squidpy에서 제공하는 리간드-수용체 상호작용 결과를 시각화하는 함수
• source_groups: 해당 클러스터를 리간드를 분피하는 세포군으로 설정
• Y축: 리간드-수용체 페어
• X축: 타겟 클러스터들
• 점의 채워짐: p-value < 0.05 여부 (True/False)
• 점 크기: -log10(p-value) ⟶ 통계적 유의성
• 점 색상: mean expression ⟶ 발현량 (상호작용 세기)

ligrec-squidpy.ipynb